雷雨天气是直接危及飞行安全的危险天气之一。在美国民用航空1988年-2008年发生的飞行事故中，与雷雨有关的事故达到25起，占其总数的1/3以上。雷雨天气对飞行安全的危害主要表现在：

　　强电子流形成雷击。若飞机遭遇了强电子流，其雷达罩、天线、机翼等可能被损坏，轻则导致机体烧蚀，重则导致飞行事故。某国民航2009年-2010年事故征候统计数据表明，飞机遭雷击的事故征候共41起，飞机各部位遭电击的概率分别是：天线27%、机翼22%、尾翼21%、机身15%。

　　积冰使飞机的空气动力性能严重降低。积雨云中的结冰现象比其他所有的云都来得厉害。据统计，在零摄氏度以下的积雨云中飞行时，积冰的发生率为89%，强积冰的发生率为42%，这很容易导致发动机熄火，飞机的空气动力性能严重降低。风洞和飞行试验表明，如果飞机机翼前缘或上表面积冰超过一张牛皮纸的厚度，会导致升力下降约30%，阻力上升约40%。由此可见，飞机积冰对飞行的危害是致命的。

　　与云中的冰雹高速相撞。这会造成飞机机体和发动机叶片受损。

　　强烈气流和风切变。在一个雷雨单体中的水平风切变、下冲气流、上升气流和湍流，能达到影响各种尺寸的飞机性能水平的强度。因为强烈的垂直气流运动，会造成强烈的乱流和扰动，飞机一旦进入这种扰动区域，必然很难被操纵，容易失去控制，甚至因失速而失事。据国际民航组织飞行事故统计，在与低空风切变有关的飞行事故中，有近89.3%是受雷雨天气影响所致。

　　低能见度与湿滑跑道。雷雨产生的短时强降水容易使能见度突然变低，跑道湿滑。能见度低会影响飞行员视线与判断，着陆时会导致高、飘、跳，容易造成操纵困难或机体受损。在湿滑跑道上起降时，容易导致飞机冲出／偏出跑道。某国民航2009年-2010年共发生15起冲出/偏出跑道事故征候，其中有7起与雷雨天气造成的低能见度与湿滑跑道有关。